Au sujet de la phrase de Manuel II Paléologue : « Montre-moi donc ce que Mohammed a apporté de neuf €¦ », Benoît XVI précise, dans la note 3 :
« Cette citation a malheureusement été comprise dans le monde musulman comme expression de ma propre position, et a provoqué ainsi une indignation compréhensible. J’espère que le lecteur de mon texte peut reconnaître immédiatement que cette phrase n’exprime pas mon attitude personnelle à l’égard du Coran, pour lequel j’éprouve le respect qui convient pour le livre saint d’une grande religion. En citant le texte de l’empereur Manuel II, il ne s’agissait pour moi que d’en arriver à la relation essentielle entre foi et raison. Sur ce point je rejoins Manuel, sans pour autant faire mienne sa polémique. »… Une petite émeute ?